Kelembagaan Organisasi Perangkat Daerah Kabupaten Banyumas sesuai dengan Peraturan Daerah No.16 tahun 2016 adalah sebagai berikut :

1. Sekretariat Daerah Kabupaten Banyumas
2. Sekretariat DPRD Kabupaten Banyumas
3. Inspektorat Daerah Kabupaten Banyumas
4. Dinas Pendidikan Kabupaten Banyumas
5. Dinas Kesehatan Kabupaten Banyumas
6. Dinas Pekerjaan Umum Kabupaten Banyumas
7. Dinas Perumahan dan Kawasan Permukiman Kabupaten Banyumas
8. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil Kabupaten Banyumas
9. Satuan Polisi Pamong Praja Kabupaten Banyumas
10. Dinas Sosial dan Pemberdayaan Masyarakat dan Desa Kabupaten Banyumas
11. Dinas Tenaga Kerja, Koperasi dan Usaha Kecil Menengah Kabupaten Banyumas
12. Dinas Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana, Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Kabupaten Banyumas
13. Dinas Lingkungan Hidup Kabupaten Banyumas
14. Dinas Penanaman Modal dan Perizinan Terpadu Satu Pintu Kabupaten Banyumas
15. Dinas Pemuda, Olahraga, Kebudayaan dan Pariwisata Kabupaten Banyumas
16. Dinas Komunikasi dan Informatika Kabupaten Banyumas
17. Dinas Perindustrian dan Perdagangan Kabupaten Banyumas
18. Dinas Perhubungan Kabupaten Banyumas
19. Dinas Arsip dan Perpustakaan Daerah Kabupaten Banyumas
20. Dinas Pertanian dan Ketahan Pangan Kabupaten Banyumas
21. Dinas Perikanan dan Peternakan Kabupaten Banyumas
22. Badan Kepegawaian Pengembangan Sumber Daya Manusia
23. Badan Perencanaan Pembangunan, Penelitian dan Pengembangan Daerah Kabupaten Banyumas
24. Badan Keuangan dan Aset Daerah Kabupaten Banyumas
25. Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Banyumas
26. Badan Kesatuan Bangsa dan Politik Kabupaten Banyumas
27. Badan Penanggulangan Bencana Daerah Kabupaten Banyumas
28. RSUD Ajiabarang
29. RSUD Banyumas
30. Kecamatan Purwokerto Barat
31. Kecamatan Purwokerto Selatan
32. Kecamatan Purwokerto Utara
33. Kecamatan Purwokerto Timur
34. Kecamatan Karanglewas
35. Kecamatan Kedungbanteng
36. Kecamatan Baturraden
37. Kecamatan Cilongok
38. Kecamatan Ajibarang
39. Kecamatan Pekuncen
40. Kecamatan Gumelar
41. Kecamatan Lumbir
42. Kecamatan Wangon
43. Kecamatan Jatilawang
44. Kecamatan Rawalo
45. Kecamatan Kebasen
46. Kecamatan Patikraja
47. Kecamatan Banyumas
48. Kecamatan Somagede
49. Kecamatan Kemranjen
50. Kecamatan Tambak
51. Kecamatan Sumpiuh
52. Kecamatan Kalibagor
53. Kecamatan Sokaraja
54. Kecamatan Sumbang
55. Kecamatan Kembaran
56. Kecamatan Purwojati